歷經八年之中日戰爭隨著日本政府於民國三十四年八月十五日宣佈無條件投降而終止。十月十五日中華民國派受降先遣人員抵達台北，十月二十五日正式接管台灣地區行政管轄權。台灣在日本統治五十年之後重返中華民國之懷抱。十一月十五日羅宗洛博士率代表六人接管台北帝國大學，改稱國立台灣大學；工學部改稱工學院；土木工學科改組成土木工程學系。中央研究院植物研究所所長羅宗洛教授為首任國立台灣大學校長。國立中央大學陸志鴻教授為工學院第一任院長。國立台灣大學改制初期除由少數之接管人員主持學校行政外，課務之運作、日常事務之處理均由前台北帝國大學之台籍教職員負責推動。許整備先生民國三十四年十二月受聘為土木工程學系助教、協助日籍教授處理系務，事務員林家芳協助處理雜務，三十五年三月，技士柯昆玉先生來系在土壤力學實驗室工作。
民國三十五年八月陸志鴻教授接任第二任校長；工學院院長由化學工程學系魏嵒壽教授繼任。聘請趙國華、關永山為土木工程學系教授，趙國華教授為土木工程學系第一任系主任。趙教授主講基礎工程、土壤力學、工程契約與規範；關教授主授工學院各系一、二年級之投影幾何與工程畫；日籍教師留任者四人。國立台灣大學首次在台北、上海、福州等地招考一年級新生，土木工程學系錄取新生十一人，於十月入學。戰時在日本各大學就讀之台籍學生陸續回台，繼續就讀於土木工程學系者有：二年級四人，三年級六人。土木系設有專業圖書室、測量室及土壤力學實驗室，均有專人負責管理。
民國三十六年八月，國立台灣大學再在台北、上海、福州等地招考一年級新生，土木工程學系新生廿九名。新聘教員計有徐世大教授、虞兆中副教授及助教徐基元、陳耳、方曉陽、盧衍祺、陶光允。許整備助教升等為講師主授測量學。徐世大教授主講水力學、水文學及水利工程，虞兆中教授負責工學院各系之應用力學及材料力學。日籍教師留系者二人。全系各年級均有學生，一年級廿九人、二年級十八人，三年級四人，四年級六人。
三十七年六月中央研究院化學研究所所長莊長恭博士接任第三任校長。陸志鴻校長卸任後專任機械工程學系教授，主授與工程材料科學有關課程；本系之工程材料亦由陸教授講授。莊長恭校長聘請國立中央大學工學院院長盧恩緒教授為本系專任教授兼教務長，機械工程系彭九生教授接任工學院第三任院長。日籍教授仍有一人留系服務至年底返日。本學年度第一學期徐世大教授請假前往杭州、出任錢塘江海堤工程局局長，課務由農業工程學系金城教授代授水利工程，兼任教授周宗蓮博士代授給水工程；第二學期徐教授銷假回系授課。
三十八年一月中央研究院歷史語言研究所所長傅斯年教授接任國立台灣大學第四任校長。當時受到大陸戰事影響，各地學者及教授播遷台灣者為數不少。盧恩緒教授辭兼教務長，專任土木系教授，主授結構學、高等結構學及結構設計。國立清華大學陶葆楷教授受聘為本系教授兼任主任，是為本系第二任系主任，主授給水工程、污水工程。中央研究院凌鴻勛院士受聘為本系教授，主授鐵路工程有關課程。同年受聘者尚有兼任講師馮鍾豫授水文學、鄒承曾授道路工程、專任助教胡再成、劉鍾翰、郭鎮、胡兆炘接替離職之徐基元及陶光允之工作。同年三月，技術員黃茂松來系協助測量室工作，組員王璟則協助處理系務。
民國三十八年八月王師羲教授接系主任職務，三十九年二月，由於大陸戰局結束，台灣局勢動盪等各種因素影響，本系同學對系務推展有所不滿，王師羲教授堅辭系務，傅校長請盧恩緒教授暫代，盧教授不願出面，造成一次乏人主持系務之空檔期；惟一般事務仍在本系同仁合作下順利推動。同月新聘之前國立中央大學丁觀海教授到系，主授彈性力學、鋼筋混凝土學及設計。新聘之本系第一屆畢業生陳文祥亦回系任助教。陶葆楷教授離職後之給水工程及污水工程，乃由兼任教授周宗蓮博士主講。本校民國三十五年八月自行招考入學之學生於本年六月畢業，本屆畢業同學共有十七人，其中六人為轉學生。
三十九年八月，土木工程學系第四任系主任由新聘之國立武漢大學陳克誡教授出任，陳教授主講土壤力學、水力學。虞兆中副教授升等為教授。新聘本系應屆畢業生鄭偉、黃衍、于善元、于煒文為助教，以接替離職之胡再成、劉鍾翰、郭鎮、胡兆炘等之工作。新聘考試委員盧毓駿為兼任教授，主授都市計畫。經濟部水利實驗處與農學院農業工程學系合辦之水工實驗室成立，本系學生之水力實驗課程由其協助開授。本系並加強且擴充土壤力學實驗室之設備及研究工作。工程材料實驗亦由機械工程學系之工程材料試驗室主持授課及實習。凌鴻勛教授被任為中國石油公司董事長，辭專任教授，改聘為兼任，仍主講原有課程。
三十九年十二月二十日下午六時傅斯年校長列席台灣省省議會，答詢時突發腦溢血，送醫不治，於十一時二十二分逝世。文學院院長沈剛伯教授暫代校長職務。教育部聘請當時尚在美國各大學訪問之教務長錢思亮教授為校長。
四十年三月錢思亮教授歸國出任國立台灣大學第五任校長。
四十年二月本系聘請前國立廈門大學林夢雄講師為本系講師，主授測量學及工程畫；聘本系畢業生田長焯及台南工學院畢業生吳根彰為助教。
四十年八月許整備講師請假赴日深造；新聘本系應屆畢業生莫裕佛及武漢大學畢業生朱鑫保為助教。助理江天堯、黃華萌來系服務以接替離校之王璟，協助處理系中雜務、講義製版及打字工作。凌鴻勛教授辭兼任教授，薦請樊祥蓀為兼任教授，主講其原有課程。電機工程學系之水力學由助教盧衍祺講授。教育部與國防部對各大學應屆畢業生實施服役一年之預備軍官之規定；四十一年六月應屆畢業同學除已服兵役之退役軍人或身體不合格者外，均入伍為預備軍官。
四十一年八月助教盧衍祺、方曉陽升等為講師，新聘應屆畢業生楊鵬志、邱朝毅為助教以接替離職之陳耳、于善元、田長焯。趙希傑女士來系接替林家芳先生處理系專業圖書室之工作。是年秋季起，本系有海外僑生入學，第一年僅二人，第二年為四人，以後僑生入學人數增加至與台灣地區聯合招生入學之人數相等，形成土木工程學系每年雙班新生之始。
四十二年二月聘范純一先生為兼任教授，主授給水工程與污水工程；聘楊成儀為助教；講師方曉陽離職赴美深造。
四十二年八月聘前國立西南聯合大學閻振興教授為本系教授，並出任工學院第四任院長，主授水力發電及電機工程學系水力學。盧衍祺講師改授機械工程學系水力學及本系之水工設計；王摯風來系為組員以接替江天堯之工作；王師羲教授請假赴美訪問。
四十四年二月閻振興教授辭本系專任教授及工學院院長職務。機械工程學系鍾皎光教授出任工學院第五任院長；許整備講師返系，升等為副教授，主授衛生工程、給水工程及污水工程；八月朱鑫保助教升等為講師主授工程畫。
四十五年七月丁觀海教授接替陳克誡教授為本系第五任系主任；王師羲教授回系任教；陳克誡教授請假一年，出任石門水庫建設委員會石門大壩工務處處長；盧恩緒教授因身體不適而休假。本系課程授課者略作調整，丁觀海教授主授應用力學、材料力學、彈性力學，虞兆中教授主授結構學及高等結構學。講師盧衍祺升等為副教授主授流體力學、鋼筋混凝土學及設計；吳根彰助教升等為講師主持土壤力學實驗。工程材料試驗室正式成立，由陸志鴻教授主持。聘應屆畢業生丁啟財、沈智剛、陳昭星、湯新之為助教；朱鑫保講師辭職。國立台灣大學依規定實施教授每七年休假一年制度開始，趙國華教授依規定于本年度休假赴美伊利諾 (Illinois) 大學進修訪問一年。
四十六年二月工學院大樓 ( 目前稱土木館 ) 第一期及第二期工程陸續竣工，土木工程學系及電機工程學系分別由六號館二層木造樓房遷入新工程館之東西二側。
四十六年八月工學院成立聯合圖書室，將各系原有之專業圖書室集中管理。先在工程館中央部份東側樓上設置閱覽室，新書、新雜誌陳列室，樓下為書庫。二年後遷入新完工之工學院後棟化學工程館之東側三層樓，頂層為閱覽室、中層為雜誌室、底層為書庫。七十五年工學院聯合圖書室再遷至新建之電機工程館，趙希傑女士隨圖書室之合併離本系轉入工學院聯合圖書室工作。新聘由美國伊利諾大學助理教授姚五美為本系副教授主授應用力學及材料力學；許整備副教授升等為教授；聘本系畢業生許絳煙、朱紹鎔、丁爾祿為助教，以接替離職之丁啟財、沈智剛；林夢雄副教授辭職赴菲律賓任教；聘莊前鼐為兼任教授，主授測量學、大地測量。
四十七年五月范純一教授由兼任教授改為專任教授。本系衛生工程實驗室成立，由范純一、許整備兩位教授共同主持。
四十七年十月虞兆中教授接替丁觀海教授為土木工程學系第六任系主任。丁觀海教授休假一年，去美國訪問，在俄亥俄 (Ohio) 大學講學；聘應屆畢業生周雍遜、張碩鏞為助教接替離職之陳昭星、湯新之。
四十八年八月盧衍祺副教授升等為教授；姚五美副教授因病辭職休養；聘畢業生林之雄為助教。本年度內，系中同仁數度商議籌設土木工程學研究所，默認教育部之不增員額條件下奮力合作向校務會議提議設立研究所碩士班之要求，獲得通過；並獲教育部核准招生。丁觀海教授續假一年。
四十九年八月土木工程學研究所正式成立，由系主任虞兆中教授兼研究所主任；並於暑期招考碩士班學生十人，招考時不分組別，有二人依志願修讀工程力學，二人依志願修讀水利工程，二人選讀衛生工程，另有陳清泉、郭鴻銘二位保留學籍。陳尚英女士來系任助理接替黃華萌轉任工學院事務員留下之講義製版及打字工作。聘顏吉霖、陳秉衡、吳炎、王慶頤、楊萬發、孫中力、齊國瑞為助教，後四位助教一年後考入研究所碩士班，均再兼為助教。陳克誡教授休假一年，赴美講學，未再返校；丁觀海教授再續假一年，獲留職停薪。
